Е.И. Макаров родился 20 декабря 1955 года в Румынии, в семье военнослужащего. В 1973 году, окончив среднюю школу в г. Грозном, поступил учиться в Ленинградский кораблестроительный институт по специальности инженер-судостроитель в области подводных лодок и глубоководных аппаратов.
В 1979-1991 годах работал в производственном объединении "Алмаз" на должностях от мастера до начальника производства, занимался постройкой кораблей. Одновременно возглавлял профсоюзные организации разного уровня на предприятии.
С 1991 г. по 2000 г. являлся председателем Федерации профсоюзов Санкт-Петербурга и Ленинградской области. С 1996 г. по 2000 г. работал в СПбГУП научным руководителем научно-исследовательской лаборатории по анализу и прогнозу профсоюзного движения, с 1996 г. по 2003 г. являлся профессором СПбГУП, кафедра теории и практики профсоюзной работы.
В 2000 году назначен заместителем (с 2004 года – помощник) полпреда Президента РФ в СЗФО.
В 2001 г. избран Почетным профессором СПбГУП. С 2012 г. является научным руководителем Центра мониторинга и анализа социально-трудовых конфликтов СПбГУП.
21.11.2012 Макаров Е.И. на заседании Генсовета Федерации Независимых Профсоюзов России избран заместителем Председателя ФНПР.
Женат, имеет двух сыновей.