Система оплаты труда профессорско-преподавательского состава Университета включает в себя должностной оклад и выплаты стимулирующего характера, к которым относятся доплаты за стаж работы в Университете, стимулирующие и персональные доплаты, устанавливаемые индивидуально. Стимулирующие и персональные доплаты – это способ поощрения лучших педагогов СПбГУП за высокую эффективность и качество выполняемой ими работы, индивидуальный вклад в деятельность кафедры, факультета, Университета.
Размер стимулирующих и персональных доплат устанавливается ректором в индивидуальном порядке на основании рекомендаций кадровой комиссии Университета, с учётом мнений заведующих кафедрами и деканов.
При решении о размере и уровне стимулирующих доплат существенное значение имеет и мнение студентов о работе преподавателя - рейтинговая оценка по результатам ежегодного опроса «Педагог глазами студента», а так же оценка работы каждого педагога коллегами-экспертами.