Евгения Павловна Тонконогая работает в Санкт-Петербургском Гуманитарном университете профсоюзов с 1995 года: сначала в должности профессора кафедры социально-культурных технологий, преподавала педагогику на всех факультетах, способствовала обновлению учебно-методической базы преподавания педагогики на всех факультетах университета. С 1997 по 2008 г.г. была заведующей кафедрой социальной работы СПбГУП. Внесла значительный вклад в развитие общей и семейной педагогики, создание учебных курсов «Основы андрагогики», «Социальные инновации» и «Инновации в образовании». Член Методического совета Университета и член Учебно-методического объединения вузов России по образованию. Почетный профессор СПбГУП с 1998 года.
Е.П. Тонконогая – автор более 200 научных работ по вопросам общего среднего, высшего и постдипломного образования взрослых. Теоретические разработки Е.П. Тонконогой, положенные в основу ряда документов государственных органов, предопределили реформирование системы образования взрослых в России в соответствии с современными требованиями. По ее учебным пособиям и программам на протяжении многих лет осуществляются подготовка и переподготовка руководителей системы образования, а в последние годы и профессиональная подготовка специалистов социальной работы.
Её труды по проблемам андрагогики получили международное признание: Около 30 публикаций переведены на многие языки мира по линии ЮНЕСКО. Под ее руководством разработана концепция повышения квалификации организаторов образования, подготовлены учебно-тематические планы и программы для 14 категорий руководителей системы образования.
Профессор СПбГУП создала научную школу исследователей - педагогов и андрагогов, воспитала плеяду ученых, успешно работающих в ряде вузов России и стран СНГ. Под научным руководством Евгении Павловны подготовлены и защищены более 30 кандидатских диссертаций.
За заслуги в области народного образования Е.П. Тонконогая награждена почетными грамотами Министерства просвещения СССР, Белоруссии, Таджикистана, медалью ВДНХ, значком «Отличник народного просвещения», медалью «Ветеран труда», медалью К.Д. Ушинского.