Евгений Иванович Макаров родился 20 декабря 1955 года в семье военнослужащего.
В 1973 году поступил в Ленинградский кораблестроительный институт. После завершения учебы работал в производственном объединении «Алмаз», занимался постройкой кораблей.
В 1989–1991 годах был председателем профкома объединения. В 1991 году был избран председателем Ленинградской федерации профсоюзов и возглавлял ее до 2000 года. Избирался членом исполкома Генерального совета Федерации независимых профсоюзов России, был председателем Ассоциации профсоюзов Северо-Западного региона России.
С 2000 по 2012 год — заместитель, помощник полномочного представителя Президента Российской Федерации в Северо-Западном федеральном округе.
С 2012 года советник, потом — заместитель председателя Федерации независимых профсоюзов России М.В. Шмакова.
Евгений Иванович внес огромный вклад в становление и развитие СПбГУП начиная с 1991 года. В 2001 году он избран почетным профессором Университета. С 2012 года возглавляет Центр мониторинга и анализа социально-трудовых конфликтов СПбГУП. Под его научным руководством учеными СПбГУП разработана уникальная система «Социально-трудовые конфликты», благодаря которой информация о социально-трудовых конфликтах сегодня доступна любому желающему.