Александр Дмитриевич на протяжении ряда лет сотрудничает с Университетом: регулярно принимает участие в Международных Лихачевских научных чтениях, читает лекции в вузе. 14 мая 2009 года состоялась торжественная церемония вручения диплома Почетного доктора и докторской мантии А.Д. Некипелову. В Университете открыта памятная доска с его именем. На Аллее Славы установлен бюст ученого.
Вице-президент РАН (2001–2013). Академик Некипелов – автор свыше 200 научных работ, в том числе известных монографий «Очерки по экономике посткоммунизма» (1996), трехтомника «Центральная и Восточная Европа во второй половине XX века» (2000). Заслуги в развитии экономической науки и общественная деятельность Александра Дмитриевича Некипелова отмечены высокими государственными наградами: орденом «За заслуги перед Отечеством» IV степени, медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени, медалью «В память 850-летия Москвы», орденом Почета, Почетной грамотой Президента Российской Федерации. За большой вклад в подготовку и проведение Года России в Китае и Года Китая в России в 2008 году он удостоен Благодарности Президента России.